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Alto KarabajConflicto kurdo en Irán
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En 1941, una revuelta más amplia llevó a la creación de una administración autónoma dirigida desde la ciudad de Mahabad por el jurista Qazim Mohamed. La Unión Soviética, que también fomentaba un movimiento independentista azerí en el norte de Irán, apoyaba durante varios años este proyecto.
En 1945, el dirigente kurdo iraquí Mustafa Barzani se exilió con sus milicias a Irán y creó un ejército al servicio de Qazim Mohamed, que el mismo año fundó el Partido Democrático del Kurdistán Iraní (KDPI). En 1946, Qazim proclamó una república independiente, conocida como la República de Mahabad. El mismo año, las tropas soviéticas se retiraron; poco despues, un contraataque de Teherán derrotó a las milicias kurdas y reintegró el territorio al estado iraní.
En 1967 se fundó el partido marxista Komalah, que abogaba por la autodeterminación. En 1979, numerosos grupos kurdos apoyaban la revolución contra el sah, pero pronto se opusieron al régimen islamista chií del ayatolá Jomeini. En agosto de ese año, Jomeini declaró la guerra santa contra los kurdos independentistas —la mayoría de orientación suní— y la revuelta fue aplastada militarmente, lo que causó miles de muertos.
La tímida apertura democrática bajo Mohamed Jatamí a partir de 1997 dio más libertad a los kurdos y valoraba su papel dentro de un Irán multiétnico. 
Se formó un movimiento parlamentario a favor de la identidad cultural kurda. En 1999, sin embargo, las protestas por el juicio a Abdullah Öcalan en Turquía se extendieron a Irán y provocaron choques sangrientos con la policía. En 2005, el asesinato de un joven kurdo provocó revueltas que duraron varias semanas y se extendieron a todo el Kurdistán iraní.
En 2004, miembros del PKK, la guerrilla kurda de Turquía, crearon el Pejak (o PJAK), una milicia de unos 1.500 miembros con el cuartel central en las montañas Qandil, en la frontera entre Iraq e Irán. A partir de 2006, el Pejak llevó a cabo varios atentados con bombas y sobre todo ataques frecuentes contra patrullas militares y helicópteros iraníes cercanos a la frontera. En respuesta, el ejército iraní bombardea regularmente esta zona montañosa.
Según algunos periodistas, el Pejak operaba con el beneplácito o incluso apoyo de Estados Unidos, que utilizaría esta milicia para presionar a Irán, y el apoyo de instructores israelíes. Washington negó toda implicación. Sin embargo, los cuarteles centrales del Pejak se encuentran al norte de Suleimanía, en un territorio controlado por los peshmergas del PUK, los mejores aliados de Estados Unidos en Iraq, y los milicianos del Pejak expresaban que servían a los intereses geoestratégicos de Washington.
El estrecho vínculo entre el Pejak y el PKK —que tiene sus cuarteles centrales en la misma zona o incluso comparte las mismas infraestructuras— convertiría este vínculo en polémico porque el PKK es considerado terrorista por el gobierno estadounidense.
En noviembre de 2008, escasos días después de la victoria electoral de Barack Obama, el Pejak anunció que pondría fin a la lucha armada contra Irán y se enfrentaría con Turquía. No obstante, en abril de 2009 tuvo lugar un ataque a una comisaría iraní, en la que murieron 18 policías y 8 guerrilleros. Irán contraatacó una semana después, bombardeando una aldea kurda iraquí.
En julio de 2011, Irán lanzó una amplia ofensiva contra el Pejak, sin suscitar críticas de la adminstración del Kurdistán iraquí, y en septiembre el Pejak anunció que había negociado una tregua, por lo que cesaba su actividad armada contra Irán.