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La asociación Colectivo MediterráneoSur colabora a menudo con asociaciones e instituciones académicas que comparten objetivos similares.
En noviembre de 2009, la revista digital MediterráneoSur figura como Medio colaborador en las Jornadas sobre Leonardo Sciascia, organizadas por la Facultad de Filología de la Universidad de Sevilla.
En marzo de 2010, varios autores de la revista participan como invitados en unas jornadas organizadas por la asociación Café Babel en Sevilla.
En abril de 2010, la Universidad de Sevilla y MediterráneoSur cierran un convenio por el que dos estudiantes del Máster de Traducción e Interculturalidad de la Universidad realizan prácticas de traducción (inglés y francés) en MediterráneoSur durante la duración del máster. En 2011 se renueva este convenio, que tiene vocación de convertirse en una colaboración sostenida. Actualmente cuenta con estudiantes en prácticas de inglés, francés y griego.