Las persecuciones de los armenios por parte del ejército otomano y fuerzas turcas en las primeras dos décadas del siglo XX obligaron al clero de Cilicia a exiliarse, junto al grueso de los armenios de Anatolia, y el catolicosato fue restablecido a partir de 1930 en Antelias, cerca de la capital libanesa Beirut, donde se mantiene hasta hoy. Mientras que Echmiadzín es la cabeza de la iglesia del actual estado de Armenia, el catolicado de Cilicia sigue dirigiendo desde Beirut todos los asuntos de la diáspora armenia en los países vecinos. De Beirut dependen, además de Líbano, las tres diócesis de Siria (Alepo, Damasco y Yezira, ésta ubicada en Qamishli), las tres de Irán (Teherán, Isfahan y Tabriz) y las de Chipre, Grecia, los países del Golfo e incluso algunas americanas.

El catolicós de Echmiadzín es desde 1999 Karekin II, nacido como Ktrij Nersessian en Armenia en 1951. El catolicós de Cilicia es Aram I, nacido en Beirut en 1947 y elegido en 1995.

Además de los dos catolicós, la Iglesia cuenta con dos patriarcados. Ambos dependen del catolicós de Echmiadzín pero son autónomos en la gestión local. El de Constantinopla fue establecido en 1461 y su sede se mantiene en Estambul. El otro es el de Jerusalén, donde apenas viven unos 3.000 armenios, pero donde se sigue manteniendo viva la tradición: uno de los cuatro barrios tradicionales de la ciudad antigua de Jerusalén es armenio.

La Iglesia Armenia utiliza el armenio como lengua de liturgia. En un punto se distingue de todas las demás congregaciones: celebra 'nacimiento y aparición' de Jesucristo el 6 de enero, según la convicción de sus teólogos la fecha original, reemplazada más tarde por el 25 de diciembre. Todas las ramas de esta Iglesia utilizan el calendario gregoriano, tras su adopción por la sede central de Echmiadzin en 1923, impulsada por la invasión soviética de Armenia. El 6 de enero es, así, festivo tanto en Armenia como en Líbano. Sólo el patriarcado armenio de Jerusalén se rige por el antiguo calendario juliano, habitual entre todas las iglesias orientales, de manera que celebra la navidad el 19 de enero gregoriano.

La Iglesia Apostólica Armenia es la fe más difundida entre los armenios. Práctimamente todos los armenios en Armenia siguen esta confesión, cuando no se consideran agnósticos. En la diáspora, la Iglesia Católica Armenia ha ganado influencia y cuenta con la adhesión de un 10-20% de las comunidades armenias. Otra parte menor se ha adherido en el último siglo a iglesias evangélicas.