El cisma entre la Iglesia católica romana y la ortodoxa, en cambio, surgió en el siglo XI tras una lucha de poder entre el primado de Roma y el de Constantinopla, de ahí que las diferencias dogmáticas entre ambas son escasas y se manifiestan sobre todo en la liturgia, es decir la forma de celebrar misa. La Iglesia católica reconoce las entidades ortodoxas como representantes del cristianismo y acepta la celebración de misas conjuntas.

Diferente es el caso de las iglesias protestantes, surgidas en el siglo XV en Europa central como protesta contra el sistema jerárquico de la Iglesia romana. Su interpretación teológica se ha alejado considerablemente del resto de las iglesias y no son consideradas cristianas por el Vaticano.

Un caso aparte son las iglesias católicas orientales, también llamadas uniatas: se trata de ramas de las iglesias ortodoxas, monofisitas y nestorianas que en algún momento de la historia, sobre todo entre el siglo XVIII y el XIX, aceptaron el dogma católico y la supremacía del papa de Roma, provocando así un cisma local en sus comunidades. Conservan en gran medida sus liturgias propias y su estructura interna autónoma y se definen como iglesias católicas 'sui iure', es decir con ley propia. Disponen de patriarcas elegidos localmente por los obispos y confirmados por Roma.