Dr. phil. Peter Winzeler studierte Theologie in Zürich unter Leitung von Fachleuten des Alten Testaments und der Altorientalistik der religionsgeschichtlichen Schule (Victor Maag, Hans Heinrich Schmid, Fritz Stolz). Die "radikalen" Berliner 68-er Theologen Gollwitzer und Marquardt vermittelten ihm das (vergessene) sozialistische und zugleich judaistische Erbe des grossen Kirchenkämpfers Karl Barth in Deutschland (dies wurde sein Promotionsthema); der Berner Prof G. W. Locher das ebenso vergessene zwinglische Erbe (Habilitationsschrift); auch Albert Schweitzer ist eine seiner Grundlagen.

Weitere Anregungen verdankt Winzeler Herbert Marcuse; auch der Rabbinersohn Jakob Taubes gehört zu seinen geistigen Vätern. In Berlin setzte er sich mit dem notorischen (bzw. methodologischen) Antijudaismus der historisch-kritischen Exegese auseinander. Vor kurzem wurde Winzeler an die Universität Bern berufen und zum Honorarprofessor für Reformationstheologie und reformierte Theologie der Neuzeit ernannt. Auf der Webseite der Universität kann mehr Information über sein Wirken und seine zahlreichen Veröffentlichungen abgerufen werden.

Seit Januar 2009 arbeitet Winzeler zusammen mit Prof. Dr.phil. Dr. rer.pol. Gunnar Heinsohn an dem Projekt "Vorsehungsglaube und Chronologiekritik? Zwinglis frühneuzeitliches Zeitbild von Mittelalter und Antike, Judentum und Christentum", ein Forschungsprojekt der Universität Bern, unterstützt vom Institut für Systematische Theologie Deutschland, das bis 2013 laufen soll.

Auf Velikovsky stieß Winzeler in den 80-er Jahren; in dieser Zeit beginnt seine Mitarbeit an der GRMNG, VFG und (später) ZS. Nachdem er den chronologischen Bibelfundamentalismus Velikovskys zu hinterfragen begann, erwiesen sich auch die von Eduard Meyer gelegten Grundlagen des Altertums als brüchig. Manchen Radikallösungen (wie bei Christoph Marx, Fomenko u.a.) ist Winzeler abgeneigt. Außerdem bezweifelt er den Sinn einer Chronologiereform die nur Selbstzweck wäre; was nutzt es, Cäsar und Augustus - oder den historischen Jesus - zu negieren oder 297 Jahre aus dem Mittelalter zu enfernen, ohne die kulturellen Implikationen für heute zu bedenken? fragt sich Winzeler. Er wünscht dagegen die Grundlegung einer post-kapitalistischen (wie post-marxischen) Ökonomie des israelitischen und demokratischen Sozialismus. Autoren wie Marx, Freud und Velikovsky (neben dem Theologen Karl Barth oder kongenialen Philosophen wie Levinas) bleiben für ihn "die grossen geistigen Herausforderungen an jede künftige Zeitrechnung, die den systemischen Chronologiezwängen des Patriarchates, des Christentums und des Globalkapitalismus entrinnen will".

• 1985: "Wer Ursache zum Aufruhr gibt" ((1524), in: Huldrych Zwingli Schriften I, S. 331-426 (im Auftrag des Zwinglivereins hg. von Thomas Brunnschweiler et alii, Theol. Verlag Zürich 4 Bde.)
• 1986: Zwingli als Theologe der Befreiung (Basel)
• 1998: "Losend dem Gotzwort!" G. W. Lochers Bedeutung für die Zwingliforschung. In: In: Zwingliana XXV, 1998,43-63)
• 1999: "Unbehagen an der Chronologierevision. Ein Zwischenruf" in ZS S. 292-301 (Gräfelfing)
• 2001: "Das Kreuz mit Qumran und den Äonen alter Bibelhandschriften" in ZS S. 20-37 (Gräfelfing)
• 2005: Amarna - die erste Lichtung des Seins? in: Alles in Allem. Beitrag in der Festschrift Christine Janowski (Neukirchen Verlag 2005).
  

Winzeler ist ein regelmäßiger Mitarbeiter der chronologiekritischen Zeitschrift "Zeitensprünge" (ZS), herausgegeben in Gräfelfing / München durch Heribert Illig)